Ответы на ваши вопросы:

Как в "1С:Бухгалтерии 8" (ред. 3.0) зарегистрировать один счет-фактуру на несколько документов поступления?

НК РФ не запрещает продавцу выставлять один счет-фактуру на несколько отгрузок в адрес одного покупателя, оформленных разными накладными. Один счет-фактура на несколько отгрузок не препятствует вычету НДС у покупателя. Главное, чтобы все отгрузки, на которые выставляется один счет-фактура, укладывались в интервал не более 5 календарных дней (п. 3 ст. 168 НК РФ).

Предположим, от поставщика поступили товары тремя разными поставками, в информационной базе созданы документы "Поступление (акт, накладная, УПД)" от 25.10.2021, от 26.10.2021, от 29.10.2021. Если на несколько документов поступления выставлен один счет-фактура, то:

не заполняйте поля "Счет-фактура №" и "от" во всех этих документах поступления, кроме последнего;

заполните поля "Счет-фактура №" и "от" в последнем из этих документов поступления, нажмите кнопку "Зарегистрировать" или проведите документ.

Автоматически будет создан документ "Счет-фактура полученный", его поля будут заполнены данными из документа-основания (последний из документов поступления), а в форме документа-основания появится ссылка на созданный документ;

по ссылке из документа поступления откройте документ "Счет-фактура полученный" (см. картинку). Проверьте заполнение полей документа. По ссылке в поле "Документы-основания" откройте форму "Список документов-оснований" и по кнопке "Добавить" добавьте остальные документы поступления, на которые поставщик выставил этот счет-фактуру. Кнопка "ОК";

сохраните изменения в документе "Счет-фактура" по кнопке "Записать и закрыть".