В Письме от 03.10.2023 № БВ-4-9/12603 ФНС РФ отразила подходы, применяемые судами при разрешении споров, в частности, при проведении налоговой реконструкции. При выявлении схем «дробления бизнеса» доначисление сумм налогов осуществляется с целью возмещения ущерба бюджетам публично-правовых образований таким образом, как если бы налогоплательщик не допускал нарушений. Налоговая реконструкция предполагает расчет доначислений по налогам исходя из реального экономического смысла сделок.
Соответственно, налоговая реконструкция при получении документов от фактических продавцов предполагает необходимость учета расходов на приобретение товаров (работ, услуг) и применение вычетов по НДС в той части, в какой данные налоги были перечислены лицом, осуществившим фактическое исполнение по сделке.
При расчете недоимки по НДС и налогу на прибыль организаций при приобретении товаров у импортеров через проблемных контрагентов (технических компаний) доначисление НДС и налога на прибыль организаций должно производиться с учетом сведений (информации) о стоимости приобретенных товаров (оборудования) и сумм НДС, уплаченных при ввозе на таможенную территорию Российской Федерации.