Не будет, следует из разъяснений Минфина.
Штраф начисляется на недоимку. Недоимка — это сумма, не уплаченная в срок (п. 2 ст. 11 НК РФ).
Налог считается уплаченным:
- со дня перечисления денег в качестве ЕНП;
- или со дня признания денег единым платежом при наличии на соответствующую дату учтенной на ЕНС совокупной обязанности, в отношении которой может быть определена принадлежность таких сумм в соответствии с п. 8 ст. 45 НК РФ.
Если со дня, на который приходится срок уплаты налога, до дня вынесения решения о привлечении к ответственности у налогоплательщика непрерывно имелось положительное сальдо ЕНС, перекрывающее сумму неуплаченного налога, нарушения нет. Соответственно, и штраф налагать не за что.
Об этом — в письме Минфина от 27.03.2023 № 03-02-07/26504.