Счета-фактуры при экспорте регистрируйте в книге продаж в зависимости от того, применяете вы ставку 0% или отказались от нее.

Если применяете ставку 0%, авансовые счета-фактуры не составляйте и в книге продаж не регистрируйте (п. 1 ст. 154 НК РФ, п. 17 Правил ведения книги продаж). Отгрузочный счет-фактуру регистрируйте в зависимости от подтверждения нулевой ставки.

Если вы отказались от ставки 0%, то авансовые и отгрузочные счета-фактуры с НДС по обычной ставке регистрируйте в книге продаж в общем порядке за тот квартал, когда получили аванс или отгрузили товар (п. п. 1, 14 ст. 167 НК РФ, п. п. 2, 3 Правил ведения книги продаж).

Корректно вести книгу продаж при экспорте вам поможет Готовое решение.