Организация бухучёта в бюджетных организациях имеет ряд особенностей, основанных на законодательстве о бюджетном устройстве, Инструкции по бюджетному учёту, других нормативных документах по учёту и отчётности в бюджетных организациях, а также их отраслевой спецификой.