В письме от 27.12.2021 № 03-11-06/2/106157 ведомство пояснило, что перечисленные в ст. 251 НК РФ доходы в УСН-базе не учитываются.
Среди прочего, не учитывать в доходах можно целевые поступления, которые не являются подакцизными товарами. Это использованные по назначению поступления на содержание НКО и ведение ими уставной деятельности от организаций или физлиц, на основании решений органов власти.
У получателей таких поступлений есть обязанность вести раздельный учёт доходов и расходов в рамках целевых поступлений.
Если НКО получила средства из бюджета по решению органов власти на ведение уставной некоммерческой деятельности, эти деньги не нужно учитывать в УСН-доходах, если ведётся раздельный учёт. Не учитываются также расходы на содержание и уставную деятельность за счёт этих средств.
В остальных случаях бюджетные средства для организаций на УСН облагаются налогами по общим правилам.