Об этом ФНС указала в Письме от 31.10.2022 г. № СД-4-3/14664.
В указанном письме была описана ситуация между двумя контрагентами. Налогоплательщик выполнял работы на объектах недвижимости, расположенных в том числе на территории Абхазии и Южной Осетии. В контрактах стоимость работ была определена с учетом НДС, налогоплательщик составил акты выполненных работ с НДС, выставил счета-фактуры. Заказчик оплатил работы с учетом НДС, соответствующие суммы налога были им приняты к вычету.
Через некоторое время налогоплательщик представил уточненные декларации по НДС, в которых в разделе 3 исключил суммы налога, исчисленные при проведении строительно-монтажных работ на территории Республик Абхазия и Южная Осетия, и отражена стоимость работ в разделе 7 по коду 1010812 «Реализация работ (услуг), местом реализации которых не признается территория Российской Федерации». Также налогоплательщик восстановил суммы НДС по товарам (работам, услугам), использованным на указанных объектах, и ранее принятые к вычету.
Как указывает налоговая, в этой ситуации, в связи с тем, что выставлены счета-фактуры с выделенной суммой НДС, налогоплательщик обязан исчислить НДС на основании пп. 2 п. 5 ст. 173 НК. «Входной» НДС он вправе принять к вычету.
Если налогоплательщиком обнаружено ошибочное исчисление НДС, он вправе провести перерасчет налоговой базы и суммы налога в порядке, установленном ст. 54 НК.
С учетом, что суммы НДС по выставленным налогоплательщиком счетам-фактурам по работам, выполненным на территории иностранных государств, приняты заказчиком к вычету, по мнению ФНС России, указанный перерасчет возможен в случае внесения сторонами в контракты согласованных изменений в части ставки НДС и цены работ, а также аннулирования выставленных заказчику счетов-фактур.
Как указала налоговая, порядок и само понятие аннулирования документов с ошибками законодательством не предусмотрены. Это касается как первичных учетных документов, так и документов со статусом счетов-фактур.
Однако действующее гражданское законодательство не исключает возможности заключить сторонами договоренности о признании отсутствия гражданско-правовых последствий ошибочно сформированного документа. Способ такого признания может быть установлен соглашением сторон.
ФНС также напомнила об ограничении, которое содержит п. 7 ст. 78 НК, в соответствии с которым заявление о зачете или о возврате суммы излишне уплаченного налога, в том числе вследствие перерасчета налоговой базы, повлекшего излишнюю уплату налога, может быть подано налогоплательщиком в течение трех лет со дня уплаты указанной суммы.
