В законодательстве о национальной системе прослеживаемости товаров говорится, что уведомление об имеющихся остатках товаров, подлежащих прослеживаемости и отчёт об операциях с такими товарами представляет участник оборота таких товаров, являющийся их собственником, либо уполномоченный представитель такого участника (постановление Правительства РФ от 1 июля 2021 г. № 1108, приказ ФНС России от 8 июля 2021 г. № ЕД-7-15/645@).
ФНС в письме от 01.09.2021 № ЕА-4-15/12345@ пояснила, что так как доверительный управляющий не является уполномоченным представителем организации, за исключением случаев, когда он дополнительно наделён такими полномочиями, обязанность представлять уведомление об имеющихся остатках прослеживаемых товаров лежит на учредителе доверительного управления, который является собственником прослеживаемых товаров.
Согласно п. 3 ст. 169, п. 1 ст. 174.1 НК РФ доверительный управляющий исполняет обязанности налогоплательщика НДС в рамках договора доверительного управления имуществом, выставляет от своего имени счета-фактуры при реализации товаров (работ, услуг), имущественных прав в рамках договора доверительного управления имуществом. При реализации прослеживаемых товаров в выставляемом доверительным управляющим счёте-фактуре необходимо указать регистрационный номер партии такого товара.