В письме от 25.01.22 № КЧ-19-8/16@ налоговая служба разъяснила, что вернуть переплату можно даже если срок подачи заявления о возврате уже пропустили.
По п. 7 ст. 78 НК РФ заявление о зачёте или возврате налоговой переплаты можно подать в течение 3 лет с уплаты.
Если этот срок пропустили, вернуть переплату всё-таки можно, но уже через суд. В частности, КС РФ в определении от 21.06.01 № 173-О сообщил, что налогоплательщик может подать в суд иск о возврате переплаты, если 3 года с момента уплаты уже истекли. При этом подать иск можно только в пределах срока исковой давности — в течение 3 лет с даты, когда налогоплательщик узнал или мог узнать о переплате.