Налоговики провели выездную проверку в компании, по ее результатам доначислили НДС в сумме 8,29 млн руб., плюс пени. Инспекторы установили, что в проверяемый период необоснованно применяла ЕСХН (с нарушением п. 2 ст. 346.2 НК), а потому были доначислены налоги как при использовании ОСНО. Сумму в 8,29 млн рублей рассчитали по документам контрагентов, запрошенных по встречной проверке.
Компания возражала на акт проверки, указав, что, хотя спорные контрагенты применяли УСН, ЕСХН, но в период ВНП у них были переведены налоговиками на ОСНО, им доначислили НДС по операциям с компанией. Налоговики при расчете доначисления по НДС не учли этих контрагентов, поскольку документы из-за использования ими спецрежимов были выставлены без выделенного НДС.
Жалоба в УФНС погоды не сделала, компания обратилась в арбитражный суд.
Три инстанции заняли позицию компании в этом споре. Верховный суд их позицию подтвердил, отказав налоговикам передавать жалобу на рассмотрение СКЭС.
Налоговики не оспорили факт хозяйственных операций со спорными контрагентами – представлены акты выполненных работ, товарные накладные, счета-фактуры, операции налоговой инспекцией учтены по налогу на прибыль в составе расходов.
Налоговики отказали компании в вычете, поскольку в счетах-фактурах со спорными контрагентами отсутствовал выделенный НДС, хотя их право на спецрежимы было опровергнуто вступившими в силу решениями судов. Течение трехлетнего срока предъявления НДС к вычету было определено судами с момента вступления их решений в законную силу.
Суды указали, что само по себе отсутствие выделенного НДС в счетах-фактурах не отменяет необходимости в ходе ВНП учитывать и определять действительный размер налоговых обязательств при переквалификации налоговиками совершенных хозяйственных операций. В том числе учесть вычеты.
Дело № А76-5674/2021.