Налоговики провели проверку в отношении предпринимателя, по результатам которой его оштрафовали по нескольким основаниям на 4,6 млн рублей, начислили пени в размере 4,6 млн рублей, и предложили уплатить недоимку по налогам 37,2 млн рублей. Основание — по мнению налоговиков, ИП утратил право на УСН.
Предприниматель решение налоговой оспорил, суды с ним согласились частично, отменив доначисление по НДФЛ на 707 тыс. рублей за 2016 год и на 1 млн 38 тыс. рублей за 2017 год.
После тяжб ИП подал корректирующие нулевые декларации по УСН, и обратился с заявлением о зачете переплаты по УСН в общей сумме 3,51 млн рублей в счет недоимки по НДС. Налоговики зачли 2,5 млн рублей, а 1,015 млн рублей в зачет не вошли, поскольку, по мнению инспекторов, эта переплата образовалась за истечением 3-х летнего срока со дня уплаты указанной суммы. По ней в зачете было отказано. В УФНС по жалобе также отказали.
При новом рассмотрении дела суд первой инстанции ИП отказал, однако суды апелляционной и кассационной инстанций встали на его сторону. Суды указали, что налоговики должны были учесть переплату при расчете действительных налоговых обязательств по результатам проверки, чего сделано не было. Однако это не лишило права ИП распорядиться переплатой.
Кроме того, суд округа отметил, что ИП узнал о переплате не в момент, когда она возникла (как решил суд первой инстанции), а после проверки. А потому, 3-летний срок на ее возврат нарушен не был.
Дело № А75-10364/2021.