Статьёй 858 ГК РФ не допускается ограничивать распоряжение средствами на счёте компании или ИП, если речь не идёт об аресте денег.
По ст. 27 Федерального закона от 02.12.1990 № 395-1 арест на счёт могут наложить суд, арбитражный суд, судья или органы предварительного следствия, если у них есть судебное решение. По ст. 90 АПК РФ арест счёта в судебном порядке является одной из мер, обеспечивающих иск или имущественные интересы заявителя. По п. 2 ст. 12 закона от 21.07.1997 № 118-ФЗ наложить арест на деньги на счёте должника может судебный пристав.
Если счёт арестовали в ходе исполнительного производства, то арест можно снять, погасив задолженность. Кроме того, по п. 1 ст. 19 Федерального закона от 21.07.1997 № 118-ФЗ можно обжаловать постановление пристава в суде или подать приставу заявление о снятии ареста ввиду несоразмерности принятой меры требованиям заявителя ввиду несоразмерности принятой меры требованиям заявителя.
Согласно п. 16 постановления Пленума ВАС РФ от 12.10.2006 № 55 расходные операции по счёту при наложении обеспечительных мер ограничиваются заявленной суммой требований. Так если на счёте денег больше, чем арестовано, то с суммой превышения можно проводить любые операции. Если же денег меньше, то операции по счёту проводить нельзя. Это касается и выплаты зарплат и уплаты налогов.
В подобных ситуациях по ст. 136 ТК РФ зарплату сотрудникам можно платить из кассы, если такой способ установлен в коллективном или трудовом договоре. Перечисление удержанного НДФЛ по ст. 29, 45 НК РФ можно поручить уполномоченному представителю.